Citée en 943 comme possession de l'abbaye de Cluny, Thoissey est ensuite connue au travers de sa charte de franchise (1310) et de la brillante histoire de son collège royal, de son couvent des ursulines et de son Hôpital aux XVIIème et XVIIIème siècles.
Le sort de Thoissey est lié à celui de la maison des Beaujeu jusqu'en 1400 lorsque Edouard II cède ses biens au duc de Bourbon.
La ville se développe au XIVème Siècle avec Guichard VI le Grand, sans doute à l'origine des premières fortifications et de la construction d'un château avec poype. La petite cité est alors le centre d'une châtellenie qui regroupe les paroisses de Saint-Didier, Garnerans, Illiat, Saint Etienne et Mogneneins.
Avec les Guerres de Religion, les habitants connaissent de nouvelles épreuves : en 1561 les Huguenots s'emparent de la ville et se font nourrir par le pays; en 1564 une épidémie de "peste" fait périr 140 personnes. Enfin, de 1589 à 1595, les ligueurs, maîtres de la ville, commettent de multiples exactions.
Les habitants, accablés et ruinés, sollicitent de leurs souverains le renvoi de la garnison et la permission de démolir la "forteresse". Ainsi, les fortifications sont démantelées à la fin du XVIè siècle
et le château est rasé en 1615 par Bidart.
Au XVIIè siècle la petite ville entre dans une période de prospérité, grâce à la faveur des Bourbons, à nouveau propriétaires de la seigneurie de Thoissey et de la Dombes après une courte éclipse(1523-1560).
L'église de la Madeleine, ancienne chapelle du château, est alors reconstruite par les habitants en 1611.
Le collège royal ne verra le jour qu'en 1680 grâce à Messire Girié et à la bienveillance d'Anne-Marie-Louise d'Orléans, souveraine de Dombes.
Ce collège va très vite jouir d'un grand renom et en 1691, Philibert Girié, déjà principal, obtient que son église soit détachée de la paroisse de Saint-Didier dont elle dépendait jusque là.
Autre fondation importante: celle d'un couvent des Ursulines pour l'éducation des jeunes filles en 1666. Enfin, en 1701, le duc du Maire accorde ses lettres patentes pour la création de l'hôpital de la Charité. En 1758, pour faciliter le commerce, l'intendant de Dombes fait faire un canal depuis les murs de la ville jusqu'a son port.
En 1840, une inondation dévaste la plaine de la Saône:la rue du port est recouverte d'1m 50 d'eau. Le Maire fait démolir les halles et la chapelle pour édifier l'Hôtel de Ville.
Au début du XXè siècle Thoissey est perçue comme une ville prospère.