Jusqu'en 1914, voyageurs et marchandises arrivaient à Thoissey ou quittaient la ville par voie fluviale. Le port joua donc un rôle considérable dans l'histoire locale. Deux péages concernaient Thoissey : un péage par terre et un péage par eau, appelé de la Marche, qui existait déjà en 1232. La Révolution supprima les péages. Pendant des siècles, les bateaux étaient tirés depuis la rive (le chemin de halage) par des chevaux puis, au XIXe siècle, les bateaux à vapeur assurèrent des liaisons régulières entre Lyon et Chalon.
Le pont acuel, en ciment armé, à trois arches, remplaça en 1925 un pont suspendu construit sous Louis-Philippe.
